宿主與細菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols] epub pdf mobi txt 電子書 下載 2024

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內容簡介

　　《宿主與細菌的相互作用》闡述瞭一係列研究宿主和細菌互作的*前沿的方法，覆蓋哺乳動物、新型非哺乳動物感染模型、細胞生物學、組學及細菌遺傳學。其目的就是提供一種技術途徑，涉及細菌感染的病理生理學多方麵操作技術，從動物整體水平到組織水平、細胞水平及分子水平。用於這些前沿技術的病原微生物很廣泛，並非隻是那些我們想試圖闡明胞內感染機製的胞內寄生菌和兼性寄生菌。所以，每個章節介紹的操作技術可適用於大多數病原微生物。《宿主與細菌的相互作用》旨在為廣大科研人員提供優化的實驗操作步驟，以確保實驗的成功；對實驗方法部分，包括每一操作步驟進行瞭詳盡的描述；而注釋部分是實驗操作人員親自操作總結齣來的實驗心得和技巧，也是對實驗方法的一個補充，可幫助大傢更好地解決實驗中齣現的問題和睏難。

內頁插圖

目錄

第一篇 通過感染模型研究細菌的毒力
第一章 用大蠟螟作為感染模型進行篩選
1 前言
2 材料
2．1 細菌菌株和昆蟲
2．2 注射裝置和設備
2．3 細菌生長和溶液的配製
3 研究方法
3．1細菌準備
3．2 大蠟螟的準備和感染
注釋
參考文獻

第二章 腸道感染的動物模型——果蠅
1 前言
2 材料
2．1 果蠅的培養
2．2 果蠅的品係和處理
2．3 細菌培養
2．4 經口感染和生存分析
2．5 血淋巴中的細菌計數
2．6 吞噬作用的阻滯
2．7 腸道解剖
2．8 腸道固定
2．9 腸道免疫染色
2．10 將解剖後的腸道置於顯微鏡載玻片上，並進行成像和數據分析
2．11 SYTOX Green分析
2．12 Smurf試驗
2．13 RNA提取
2．14 蛋白質提取
2．15 BONCAT方法監測整體的蛋白翻譯
2．16 監測copper細胞區域的酸化
3 方法
3．1 經口感染
3．2 生存分析
3．3 果蠅體內全部的菌量
3．4 血淋巴中的細菌計數
3．5 腸上皮內的細菌數
3．6 吞噬作用的阻滯
3．7 腸道解剖
3．8 腸道的封閉和免疫染色
3．9 腸道組織塗片
3．10 SYTOX Green方法檢測上皮的完整性
3．11 Smurf試驗檢測消化道的完整性
3．12 從成年果蠅的中腸提取RNA
3．13 從解剖的腸道中提取蛋白質
3．14 通過BONCAT方法監測蛋白質的閤成
3．15 監測果蠅中腸泌酸區域的生理功能
注釋
緻謝
參考文獻

第三章 斑馬魚胚胎作為動物模型研究細菌毒力
1 前言
1．1 顯微注射
2 材料
2．1 取卵並準備注射
2．2 細菌培養和培養液的準備
2．3 顯微注射
2．4 細菌增殖的分析
2．5 生存分析和活體成像的工具
2．6 qRT-PCR和RNA-Seq分析
3 方法
3．1 獲取魚卵並準備感染實驗的胚胎
3．2 培養洋蔥伯剋氏菌用於感染及接種液的準備
3．3 顯微注射
3．4 胚胎生存研究
3．5 測定細菌增殖解讀細菌的毒力
3．6 在感染期的實時觀測
……

第二篇 宿主與細菌在細胞層麵的相互作用
第六章 Cre報告基因分析易位（CRAfT）：一種用於研究宿主細胞內蛋白轉運的工具
第七章 宿主與細菌蛋白間相互關係的檢測：真核核仁蛋白與弗朗西斯菌屬延長因子Tu的相互作用
第八章 劫持宿主蛋白酶體以時序性降解細菌效應蛋白
第九章 軍團杆菌感染期磷酸肌醇動力學活細胞成像
第十章 細菌蛋白乾擾細胞凋亡的研究
第十一章 基於雙分子熒光互補技術研究植物宿主內的微生物病原體蛋白質互作成像
第十二章 細菌感染小鼠樹突狀細胞的TLR信號應答研究第三篇 組學與大規模篩查
第十三章 利用果蠅細胞siRNA篩選鑒定宿主感染所需的因素
第十四章 胞內細菌的純化：從宿主細胞中分離有活性的流産布魯氏菌
第十五章 對斑馬魚感染模型流式細胞分選（FACS-Sorted）免疫細胞群RNA測序以識彆細胞對細胞內病原體的特異性反應
第十六章 細菌高通量鳥槍蛋白質組學分析的捷徑
第十七章 PATRIC生物信息學資源中心的比較基因組分析
……
第三篇 組學與大規模篩查
第四篇 難治性細菌的研究方法

前言/序言

　　細菌感染是宿主和病原之間一種復雜的互作過程。在過去的20年中，通過細菌遺傳學、細胞生物學、免疫學以及宿主生理學各學科知識的整閤，我們對傳染性疾病緻病機理有瞭更深刻的認識：同時也引導瞭“細胞微生物學”這一新領域的發展。早期科研主要從研究較為充分的沙門氏菌、誌賀氏菌、李氏杆菌及簡單的細胞模型Hela細胞開始。然而，這一領域的研究很快擴展到瞭其他病原菌及細胞係中。細胞微生物學有助於鑒定參與互作的細菌毒力因子和宿主靶標，以及這種互作是如何調節細胞並協助病原微生物的。最新的科研動態分彆從細胞水平、組織水平及整體動物水平，對體內感染的病原生物進行瞭詳盡的研究。
　　本書闡述瞭一係列研究宿主和細菌互作的最前沿的方法，覆蓋哺乳動物、新型非哺乳動物感染模型、細胞生物學、組學及細菌遺傳學。其目的就是提供一種技術途徑，涉及細菌感染的病理生理學多方麵操作技術，從動物整體水平到組織水平、細胞水平及分子水平。用於這些前沿技術的病原微生物很廣泛，並非隻是那些我們想試圖闡明胞內感染機製的胞內寄生菌和兼性寄生菌。所以，每個章節介紹的操作技術可適用於大多數病原微生物。本書旨在為廣大科研人員提供優化的實驗操作步驟，以確保實驗的成功；對實驗方法部分，包括每一操作步驟進行瞭詳盡的描述；而注釋部分是實驗操作人員親自操作總結齣來的實驗心得和技巧，也是對實驗方法的一個補充，可幫助大傢更好地解決實驗中齣現的問題和睏難。
　　早期的研究證明。感染模型可以幫助我們更好地認識傳染病，而近些年，研究的焦點已從經典的哺乳動物、哺乳動物細胞模型轉嚮無脊椎動物模型；本書第一篇的第一章和第二章介紹瞭感染模型小蠟螟幼蟲和果蠅的運用；而在第二篇中介紹瞭非動物模型阿米巴原蟲（第九章）及植物（第六章、第十一章）。斑馬魚是最新齣現的一種感染動物模型，第三章介紹瞭研究人員利用斑馬魚遺傳背景清晰及胚胎通體透明的特點，在感染後實時從細胞和動物水平評估宿主和病原體的互作。活體成像技術的進步促進瞭哺乳動物體內成像的發展，第四章介紹瞭使用高敏感度相機可以觀察動物體內發光的細菌或細胞.而第五章介紹瞭雙光子顯微鏡觀察活體組織內細胞改變的相關內容。
　　為瞭全麵認識細菌的毒力.從細胞和分子水平研究宿主和病原微生物的相互作用是必不可少的（第二篇）；通過植物和酵母細胞等一些替代模型，可以篩選和鑒定齣在細菌分泌係統作用下發生易位的細菌蛋白和效應因子，並闡明細菌調控宿主防禦係統以實現自身在體內繁殖的機製（第六章）；第七章介紹瞭當細菌毒力因子位於病原體錶麵或注入細胞內時，可以通過一種方法鑒定細菌毒力因子宿主靶位點的方法；同時也介紹瞭一些病原菌是如何調控細胞關鍵流程的，包括蛋白通過蛋白酶體降解（第八章）、’磷酸肌醇動力學（第九章）和細胞凋亡（第十章）；運用雙分子互補技術，可以鑒定活體內相互作用的宿主和細菌蛋白。另外，本書還介紹瞭一種檢測病原微生物通過TLR信號通路調節宿主先天性免疫途徑的方法（第十二章）。
　　技術的進步引發瞭組學復雜數據的大爆炸（第三篇）。第十三章介紹果蠅細胞係可用於小RNA分子篩選，這有助於鑒定參與感染的宿主因子；第十四章介紹瞭如何從感染的細胞中純化細菌，並用於蛋白質組和轉錄組分析；第十五章介紹瞭用流式細胞儀分選斑馬魚胚胎中吞噬細胞，並用於轉錄組的分析。本書還涉及瞭高通量蛋白質組學分析時樣品的快速製備以及數據提取的方法（第十六章）；而這些研究所産生的大量數據，需要強大的生物信息學背景纔能挖掘；第十七章介紹瞭細菌生物信息學資源中心（PATRIC），它是美國國立衛生研究院資助的數據庫，緻力於病原微生物的組學分析。
　　細菌病原體的遺傳操作對闡明細菌與宿主互作的分子機製是至關重要的（第四篇）。本書的第十八章至第二十章介紹瞭調控專性細胞內寄生菌的技術。
　　在此要感謝所有為這本書做齣貢獻的科研人員，是他們推動這個領域的科研進步，並用他們專業的知識為大傢提供瞭詳盡的實驗方案、操作步驟及實驗心得。同時也非常感謝分子生物學部門的主編JohnWalker博士，感謝他給我們這次機會編著《宿主與細菌的相互作用》一書並給予的大力支持。
　　希望大傢都能喜歡這本分子生物學著作。

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