真菌基因组学-(原著第二版) pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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M诺鲁申 著

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• 真菌基因组学
• 基因组学
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• 生物信息学
• 分子生物学
• 遗传学
• 测序
• 基因组分析
• 生物技术
• 原著第二版

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出版社： 化学工业出版社

ISBN：9787122304568

商品编码：24079322437

出版时间：2018-01-01

基本信息

商品名称： 真菌基因组学-(原著第二版)	出版社： 化学工业出版社	出版时间：2018-01-01
作者：M.诺鲁申	译者：秦玉琪	开本： 32开
定价： 118.00	页数：	印次： 1
ISBN号：9787122304568	商品类型：图书	版次： 1

编辑推荐

《真菌基因组学》(原著第二版)是Springer出版的经典系列著作“The Mycota”中的第13卷，全书由国际上知名学者编撰，国内微生物学领域一线专家精心翻译。全书聚焦于近年来成为研究热点的真菌——酿酒酵母、丝状真菌的模式菌粗糙脉胞菌、重要的工业真菌里氏木霉，以及动植物致病菌镰刀菌、白色念珠菌等，系统描述其基因组学研究进展，以及应用基因组学数据进行真菌遗传学、工业技术及致病机理方面的研究。本书对于从事真菌系统研究者来说是重要的文献资料。

内容提要

真菌作为生物界一个古老而重大的类群，在农业微生物、工业微生物以及医学微生物研究中占有重要地位。《真菌基因组学》（原著第二版）向读者介绍了多种真菌，包括单细胞真菌酿酒酵母、丝状真菌的模式菌粗糙脉胞菌、重要的工业真菌里氏木霉，以及动植物致病菌镰刀菌、白色念珠菌等的基因组学研究的*新进展，并以此延伸，对基因组学数据在真菌遗传学研究、工业技术、致病机理解析等方面的应用做了阐释。本书宽广的覆盖面、对*新研究结果的详细阐述，使得本书内容深入且极富使用价值。 本书可供微生物学、生物工程、生化工程、医学基础和药学等领域的研究人员与企业技术人员参考。

目录

第1部分 基因组测序及外延 1 第1章 以酵母菌为模式菌株对复杂疾病的系统生物学研究 2 Ⅰ．引言 2 Ⅱ．以酵母菌为模式菌株的系统生物学研究以解析复杂疾病的基本机理与网络 4 A. 酵母作为研究真核生物和人类疾病的模型 4 1. 酵母作为研究真核生物和系统生物学的模型 4 2. 酵母作为研究人类疾病分子系统生物学的模型 5 B. 复杂疾病系统的生物学基本机理与网络的综合研究：典型病例和应用——酵母新模型 12 1. 多因子复杂疾病 12 2. 目标、实验系统、设计、数据分析整合策略 13 3. 酵母系统生物学研究复杂疾病的基本网络：典型病例和应用——从酵母到人类的新的疾病模型 14 Ⅲ．小结 18 参考文献 19 第2章 真菌基本谱系的基因组学研究：系统发育基因组学研究显示具有共同起源 28 Ⅰ．引言 28 A. 前基因组时代的知识积累：我们知道多少种真菌？ 28 B. 基因组时代的*新状态：取得什么成果？ 29 Ⅱ．真菌基本谱系的进化：系统发育基因组角度的相关研究 32 A. 水生的运动孢子（游动孢子）真菌 33 1. 芽枝霉门 33 2. 壶菌门 34 3. 新美鞭菌门 35 B. 陆生的不动孢子真菌 36 1. 毛霉门 37 2. 被孢霉门 41 3. 虫霉菌门 41 4. 球囊菌门 42 C. 与真菌具有共同祖先的其它微生物 42 1. 隐真菌门（罗兹壶菌目）：异水霉罗兹壶菌 42 2. 微孢子虫 44 3. 核形虫目-Fonticula类群：简单核形虫和Fonticula alba 44 4. 中黏菌门（鱼孢霉菌科） 45 Ⅲ．真菌基本谱系的进化：系统发育基因组的相关研究 45 Ⅳ．基本真菌的基因组的主要特征 46 A. 全基因组复制 46 B. 基因复制、串联重复 47 Ⅴ．小结 48 参考文献 48 第3章 真菌系统发育基因组学研究 55 Ⅰ．引言 55 Ⅱ．确定跨越基因组的基因：直系同源和旁系同源 55 Ⅲ．系统发育基因组学方法重构物种进化树 56 A. 进化背景下基因组学 56 B. 构建真菌进化树 57 Ⅳ．关注基因家族历史：从基因组到系统发育组学 60 Ⅴ．真菌进化过程的研究 61 A. 基因家族的扩增与全基因组复制 61 B. 水平基因转移 63 C. 真菌砷酸盐代谢中的水平基因转移 64 Ⅵ．比较分析认识真菌生物学 65 Ⅶ．基于比较基因组的蛋白质功能预测 66 Ⅷ．小结 66 参考文献 67 第4章 基因组数据驱动菌种保藏的发展 72 Ⅰ．引言 72 Ⅱ．菌种保藏中心 72 A. 菌种保藏中心认证 73 B. 生物多样性公约 75 Ⅲ．真菌全基因组分析 76 A. 参考基因组序列 76 B. 同物种多分离菌株的测序 78 C. 后基因组时代的菌株等效性 83 Ⅳ．基因组技术对菌种保藏中心的影响 84 A. 基因本体论驱动的菌种保藏中心目录 84 B. 重测序的等位基因目录 84 Ⅴ．小结 85 参考文献 86 第2部分 细胞和发育生物学 89 第5章 真菌染色质及其对基因表达的调控作用 90 Ⅰ．引言 90 Ⅱ．染色质结构的调控：并非所有的修饰都是“表观遗传”调控 91 Ⅲ．染色质结构单元：丝状真菌中的组蛋白组分 93 Ⅳ．参与组蛋白修饰的蛋白 98 Ⅴ．异染色质形成的控制 98 Ⅵ．丝状真菌中的兼性异染色质 100 Ⅶ．小结 103 Ⅷ．真菌基因组和转录组的网上资源 103 参考文献 103 第6章 脉孢菌中的光生物学及生物钟调控 113 Ⅰ．引言 113 Ⅱ．真菌光生物学 113 A. 真菌为什么要感光？ 113 B. 真菌光受体：生物化学与分布 114 1. 基于黄素的蓝光受体 114 2. 红光敏感的光敏色素 118 3. 视紫红质和视紫蛋白相关蛋白 118 4. 小结 119 C. 粗糙脉孢菌的光生物学 119 1. 脉孢菌的光响应 119 2. 白领复合物信号转导的分子基础 119 3. 白领复合物受蛋白激酶及VVD作用的负调控 120 4．脉孢菌中的其它光受体：仅需要LOV？ 121 D. 曲霉属的光响应 122 1. 构巢曲霉的光响应 122 2. WCC和光敏色素之间在遗传学和物理学上的相互作用 123 3. 构巢曲霉中CryA的功能为CPD光裂合酶和光敏感的隐花色素 123 4. 小结 123 E. 总结 124 Ⅲ．昼夜节律和真菌 124 A. 什么是昼夜节律？ 124 B. 追踪脉孢菌的昼夜节律 125 C. 其它真菌中生物钟的保守性 126 D. 生物钟振荡器的分子机制 126 E. 核心时钟组件 128 1. 负调控组件：FRQ和FRH 128 2. 正调控：“白领”复合物 131 F. 时钟输入和输出 131 1. 输入 131 2. 输出 132 G. 脉孢菌的分子优势 132 参考文献 133 第7章 子实体发育的基因组学和转录组学研究 139 Ⅰ．引言 139 Ⅱ．从基因组到功能 140 A. “无性”真菌的有性发育 140 B. 大规模基因敲除的研究 141 C. 基因组测序发现突变 141 Ⅲ．转录组学：基因组学的应用 142 A. 转录组学确定发育过程中的基因表达图谱 144 1. 不同发育阶段的转录组学 144 2. 比较转录组学鉴别进化上保守基因的表达模式 145 B. 利用转录组学鉴定发育相关基因和突变 147 1．转录组学分析交配型依赖的基因表达 147 2. 光受体突变体的转录组学分析 149 3. 其它发育相关突变体的转录组学分析 150 C. 子实体发育阶段差异表达基因的详细分析 151 Ⅳ．其它“组学”方法 152 Ⅴ．小结 153 参考文献 153 第3部分 生物技术相关的基因组学 161 第8章 真菌对植物生物质的降解与修饰 162 Ⅰ．前言 162 A. 植物生物质的组成 162 B. 纤维素 162 C. 半纤维素 163 1. 木聚糖 163 2. 木葡聚糖 163 3. 半乳甘露聚糖 165 D. 果胶 165 1. 同聚半乳糖醛酸和木糖基聚半乳糖醛酸 165 2. 鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅰ和鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅱ 165 E. 木质素 166 Ⅱ．子囊菌产生的植物生物质修饰酶 168 A. 子囊菌基因组研究现状 168 B. 腐生真菌、人类病原真菌、植物病原真菌以及酵母的比较 170 C. 子囊真菌降解植物生物质的转录组与蛋白质组研究 172 D. 植物生物质相关基因的表达调控 174 Ⅲ．担子菌产生的植物生物质修饰酶 174 A. 担子菌基因组研究现状 174 B. 担子菌中参与木质素修饰的酶类 175 1. Ⅱ型血红素过氧化物酶类 175 2. 多铜氧化酶类 178 3. 产H2O2的氧化还原酶类 179 4. P450单加氧酶类 180 5. 纤维素氧化酶类 180 6. 草酸分解酶类 181 C. 白腐真菌和褐腐真菌的比较 182 D. 担子菌降解植物生物质的转录组和蛋白质组分析 182 Ⅳ．小结 184 参考文献 185 第9章 工业丝状真菌的转录组学研究：调控、生理及应用的新视角 197 Ⅰ．引言 197 Ⅱ．转录组学分析的实验设计 198 A. 转录谱平台 198 B. 真菌培养方法 201 Ⅲ．作为产酶细胞工厂的丝状真菌 206 A. 分泌压力 206 B. 蛋白水解 208 C. 菌丝异质性 208 Ⅳ．作为植物生物质降解者的丝状真菌 208 Ⅴ．丝状真菌作为宿主产生代谢物 210 A. 初级代谢物 210 B. 次级代谢物 211 Ⅵ．真菌的形态学与生产能力 212 Ⅶ．未来新进展 213 参考文献 213 第10章 木霉属生防菌种和工业产酶菌种的基因组分析 220 Ⅰ．引言 220 Ⅱ．木霉属基因组及其特征 221 A. 一般特征 221 B. 基因家族

好的，这是一本关于分子生物学前沿领域的图书简介，聚焦于蛋白质结构解析与功能调控，旨在为生命科学研究人员、高级本科生及研究生提供深入的理论基础和实践指导。 --- 《蛋白质组学：结构、相互作用与信号转导》 前言：生命机器的精密蓝图 生命活动的一切奇迹，从物质代谢到信息传递，核心驱动力在于蛋白质。它们是执行细胞功能的主力军，其精确的三维结构决定了它们如何高效地催化反应、如何识别和结合其他分子，以及如何构建复杂的分子机器。随着高通量测序技术的普及，我们已经能够快速获得海量基因组和转录组数据，但理解这些信息如何转化为具有功能的细胞实体——蛋白质组，仍然是当前生物学研究中最具挑战性和回报的领域。《蛋白质组学：结构、相互作用与信号转导》正是为填补这一知识鸿沟而精心编撰的。 本书并非对既有知识的简单罗列，而是深度剖析了蛋白质科学研究的前沿技术、核心理论框架以及当前尚未解决的关键问题。它将引导读者超越基因的层面，直接面对分子功能实现的层面，理解蛋白质是如何在动态、复杂的细胞环境中被制造、修饰、折叠、组装并最终执行其生物学使命的。 第一部分：蛋白质结构的精妙构建与解析 本部分奠定了理解蛋白质功能的基础——结构。 第一章：蛋白质一级结构与进化的制约 本章深入探讨了氨基酸序列（一级结构）如何编码折叠信息，并引入结构决定功能的原理。我们将详细解析进化保守性分析在预测功能关键残基和结构域中的应用。重点讨论非经典编码氨基酸在特定蛋白质家族中的出现及其对稳定性的影响，并引入同源建模的局限性与最新改进策略。 第二章：高级结构解析的革命性进展 本章着重介绍冷冻电镜（Cryo-EM）技术在解析大分子复合物结构方面的突破性进展。我们将详细阐述样本制备、数据采集、图像处理与三维重建的复杂流程，并对比分析高分辨率X射线晶体学与Cryo-EM在解决膜蛋白及柔性分子结构方面的优劣。此外，核磁共振波谱（NMR）在研究溶液中低丰度或快速交换状态蛋白质中的独特价值也将被深入探讨。 第三章：折叠的动力学与错误折叠的后果 蛋白质折叠是一个跨越能量势垒的复杂过程。本章聚焦于折叠伴侣蛋白（Chaperones）网络的工作机制，解析它们如何辅助新生肽链正确折叠，并讨论折叠中间体的鉴定方法。一个关键的关注点是蛋白质稳态（Proteostasis）网络，包括其监控机制和应对错误折叠蛋白的质量控制通路，并将其与神经退行性疾病中的淀粉样沉积现象联系起来。 第二部分：分子相互作用与组装的调控艺术 蛋白质很少单独工作，它们的生命意义在于相互作用和组装成功能性复合物。 第四章：高亲和力结合的物理化学基础 本章系统梳理了分子识别的原理，从静电相互作用、疏水效应到氢键网络。重点讨论结合自由能景观的构建，以及如何利用表面等离子共振（SPR）和生物层干涉测量（BLI）等技术，精确量化相互作用的动力学参数（$k_{on}, k_{off}, K_D$）。 第五章：蛋白质-蛋白质相互作用组（PPI Map）的绘制 理解细胞信号传导的复杂性，关键在于解析PPI网络。本章详细介绍了酵母双杂交（Y2H）、亲和纯化-质谱联用（AP-MS）等经典方法的优化和局限性。此外，我们还将探讨基于人工智能的蛋白质对接（Docking）算法，特别是针对柔性配体和界面重构的最新进展，以及如何通过交叉链接质谱（Cross-linking MS）来验证接近度信息。 第四章：结构域驱动的模块化组装 许多蛋白质通过包含可识别的结构域（Domains）来进行模块化连接。本章重点剖析SH2/SH3、PDZ等关键信号转导结构域的识别模式。我们将分析线性模体（Linear Motifs, LiMs）在蛋白质组装中的“即插即用”作用，并讨论如何通过突变这些模体来精确扰乱特定的信号通路。 第三部分：蛋白质的动态修饰与信号通路 蛋白质并非静态实体，它们持续地被环境信号激活、失活或重新定位。 第七章：翻译后修饰（PTMs）的生物化学与信号意义 PTMs是蛋白质功能调控的“开关”。本章提供一个全面而深入的PTMs图谱，重点关注磷酸化、泛素化、乙酰化和甲基化。我们将深入探讨激酶/磷酸酶的级联反应如何放大和传播信号，以及泛素连接酶（E3 Ligases）如何决定靶蛋白的命运（降解、定位或激活）。 第八章：新兴的定量蛋白质组学技术 要理解信号转导，必须能够定量。本章聚焦于TMT/iTRAQ多重标记在比较蛋白质表达水平中的应用。更重要的是，我们将介绍靶向蛋白质组学（SRM/PRM）在分析特定信号通路中关键蛋白的绝对定量中的优势，以及空间蛋白质组学如何将分子信息定位到组织切片上的最新技术突破。 第九章：膜蛋白的结构与药物靶点开发 膜蛋白，尤其是G蛋白偶联受体（GPCRs）和离子通道，是超过一半上市药物的作用靶点。本章专门探讨膜蛋白的稳定化、纯化和结构解析面临的巨大挑战。我们将讨论纳米盘（Nanodiscs）和脂质体系统在模拟天然膜环境中的应用，并结合结构信息指导结构导向的药物设计（SBDD）策略，以克服传统筛选的局限性。 结语：面向未来的挑战 《蛋白质组学：结构、相互作用与信号转导》的最终目标，是培养读者运用多学科工具解决复杂生物学问题的能力。当前，整合单细胞分辨率的数据、揭示细胞器间通讯的机制，以及利用人工智能预测动态结构变化，是蛋白质组学领域亟待攻克的堡垒。本书提供的坚实理论基础和前沿技术视角，将为下一代生命科学家指明方向。 --- 适用读者： 分子生物学、生物化学、生物物理学高级研究生及博士后研究人员。 致力于药物研发、生物技术开发的一线科研人员。 需要深入理解蛋白质功能与疾病机理的临床研究学者。 本书特色： 1. 深度融合理论与技术： 每一个概念的讲解都紧密联系其背后的实验方法。 2. 侧重前沿方法学： 重点介绍了Cryo-EM、高分辨率质谱、空间蛋白质组学等最新工具的应用。 3. 聚焦动态调控： 强调蛋白质如何随时间、信号和环境变化而快速适应。

评分☆☆☆☆☆

评价三 这本书带给我的最大惊喜，在于它那份对前沿动态的敏锐捕捉能力。作为一部学术专著，它显然不是简单地对已有知识进行复制粘贴，而是倾注了大量精力去追踪近几年领域内最具突破性的发现和技术迭代。我注意到其中好几处引用和案例分析，明显是基于近两三年才发表的顶尖期刊成果，这在同类书籍中是相当罕见的。这表明编撰团队具有极强的学术敏感度和信息筛选能力，确保了内容的时效性和权威性。我曾试着去对照一些热门的学术论坛和研讨会上的讨论热点，发现书中的论述恰好踩在了那些争议点或新兴方向的关键节点上，这让我感觉自己手中的这本书仿佛拥有了“预见性”。对于任何希望跟上领域最新发展步伐的研究者而言，这样一本紧跟时代脉搏的参考书，其价值是无可估量的，它不仅仅是知识的记录者，更是未来研究方向的引领者。

评分☆☆☆☆☆

评价一 这本书的装帧设计简直是艺术品，拿到手里沉甸甸的，那种厚实感和精良的印刷质量，让人对里面的内容充满了期待。封面采用了深沉的墨绿色调，配上那种细腻的纹理，一下子就营造出一种专业而神秘的氛围。我特别喜欢它在细节处理上的用心，比如书脊的烫金字体，在灯光下熠熠生辉，显得非常高档。打开内页，纸张的质感也相当不错，不是那种容易反光的劣质纸，阅读起来眼睛非常舒适，即便是长时间盯着那些密集的图表和文字，也不会感到疲劳。而且，这本书的装订非常牢固，我可以放心地将它完全摊开平放在桌面上，不用担心书页会脱落或者合拢，这对于需要频繁查阅和做笔记的读者来说，简直是一个福音。从这本书的整体硬件配置来看，它绝对是书架上的一颗璀璨明珠，光是摆在那里，就能感受到出版方在制作上投入的巨大心血。这种对实体书品质的坚持，在如今这个数字阅读盛行的年代，显得尤为珍贵，让人愿意花时间去珍藏和细细品味。

评分☆☆☆☆☆

评价二 这本书的排版逻辑简直是教科书级别的示范，我作为一个非专业人士，初次接触这方面内容时，最担心的就是那些复杂的科学术语和数据会让我望而却步，但作者在这方面做得极其出色。他们似乎有一种魔力，能够将深奥晦涩的原理，拆解成一系列清晰、易于理解的逻辑步骤。章节的过渡非常自然流畅，每一个小节都像是一块块精心打磨的拼图，最终拼凑出一个宏大的知识体系。我尤其欣赏它在图文结合上的把握，那些示意图和流程图，不是简单地堆砌在文字旁边，而是经过深思熟虑地布局，完美地解释了文本中难以描述的结构或过程。我发现自己阅读起来的效率比以往任何同类书籍都要高，很少需要来回翻页去寻找上下文的关联。这种清晰度不仅仅是针对入门者，对于资深研究人员来说，它提供的精炼总结和归纳，也是快速回顾和检索关键信息的强大工具。可以说，这本书的内部架构设计，是对读者时间成本的尊重，也是对知识传递效率的极致追求。

评分☆☆☆☆☆

评价四 这本书的语言风格真是令人耳目一新，它完全打破了我对传统学术书籍那种刻板、冷漠的印象。作者在保持学术严谨性的前提下，巧妙地融入了一种近乎于讲故事的叙述方式，让原本枯燥的基因调控机制，读起来充满了生命力和趣味性。我感觉自己像是在跟随一位经验丰富的导师，在实验室里进行一次漫长的实地考察，他会用最生动、最贴近实际操作的语言来解释那些复杂的分子交互作用。例如，在描述某个关键酶的功能时，作者用了一个非常形象的比喻，瞬间就让那个抽象的概念变得具体可感，我甚至能“想象”出那个生化反应在细胞内发生的场景。这种富有温度和人情味的文字处理，极大地降低了读者的心理门槛，使得那些原本只会出现在高阶研讨会上的话题，变得平易近人。它成功地在“深度”和“可读性”之间找到了一个近乎完美的平衡点，这绝对是专业写作领域里高超的技艺展现。

评分☆☆☆☆☆

评价五 我必须称赞这本书的索引和附录部分的处理，这才是真正体现其工具书价值的地方。对于需要经常进行交叉引用和背景资料快速检索的读者来说，一个设计拙劣的索引简直是灾难，但这本书在这方面做得近乎完美。索引的粒度非常精细，不仅涵盖了主要术语，甚至连那些在正文中只出现过一次的关键蛋白质名称也赫然在列，而且页码标注极其准确。更妙的是，附录部分的内容选择极其贴合实际应用需求，它不仅仅是堆砌一些基础公式，而是包含了大量实用的计算方法、常用数据分析软件的操作流程简介，甚至还有一些资源数据库的网址和访问指南。这让我感觉到，这本书不仅仅是一本理论书籍，它更像是一个集成化的工作站手册，可以直接伴随我进入实验或数据分析环节。这种超越理论传授的实用主义导向，让它在众多同类书籍中脱颖而出，成为了我案头不可或缺的实战宝典。