　　《生物信息学（第2版）》教材仍坚持“三基”、“五性”原则，并力求在内容和形式上有所创新。使教材具备相对系统、全面的生物信息学知识体系；突出实用性，以临床实际问题作为编写出发点；简化算法流程，突出应用软件和网络资源；贴合前沿技术、方法，增加国内外研究热点知识；主要培养长学制学生运用生物信息学方法解决临床问题、进行科研设计的能力。
　　《生物信息学（第2版）》精简基础内容，合并上一版内容相近或有较大关联的章节；结合实际应用，增加前沿新知识、新技术章节。全书共分为三篇十五章。第一篇生物信息学基础，含DNA、RNA和蛋白质序列信息资源、序列比对、序列特征分析、分子进化分析、基因芯片数据分析五章，均系生物医学相关领域发展过程中形成的基础生物信息数据及分析方法，合并第一版“双序列比对”、“多序列比对”两章为“序列比对”，合并“序列特征分析”、“表达序列分析”两章为“序列特征分析”；第二篇功能基因组信息学，含蛋白质组与蛋白质结构分析、基因注释与功能分类、转录调控的信息学分析、生物分子网络与通路和计算表观遗传学五章，均系功能基因组研究中颇具特色的生物信息学方法，合并第一版“蛋白质分析与蛋白质组学”、“蛋白质结构分析”两章为“蛋白质组与蛋白质结构分析”；第三篇生物信息学与人类复杂疾病，含复杂疾病的分子特征与计算分析、非编码RNA与复杂疾病、新一代测序技术与复杂疾病、药物生物信息学、生物信息学相关学科进展五章，均系近年发展起来的与复杂疾病有关的重要生物信息学方法，新增非编码RNA与复杂疾病的生物信息学研究、新一代测序、“组学”研究等前沿热点。

作者简介

　　李霞，博士、教授、博士研究生导师，哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院院长，龙江学者特聘教授，北京“百千万人才工程”入选者，享受国务院特殊津贴。从事生物信息学、计算系统生物学等本科、研究生教学工作30余年，主持创建的我国领先生物信息学人才培养和教育教学体系成为全国生物信息学教育模板，培养了大批既具有扎实生物医药知识，又具有很强理工科学思维和实践能力的现代紧缺人才，为推动我国生物医学教育和科技发展做出了突出贡献，先后获得黑龙江省教学名师、优秀中青年专家、优秀科技工作者、优秀共产党员等荣誉称号。李霞教授是我国重大疾病生物信息学与计算系统生物学研究的开创者之一，在复杂疾病治疗靶标与风险标志物筛选、重大疾病通路重构与子网识别、非编码基因（RNA）介导的疾病发生机理研究、新一代测序技术与复杂疾病分析、面向转化医学的重大疾病分析平台构建等领域做出了开创性的研究工作，科研成果处于国内前列。主持国家863课题、973课题、国家自然科学基金重大研究计划等国家级课题15项，于国际著名学术期刊发表高水平SCI论文130余篇，荣获中华医学科技奖、黑龙江省政府科技奖、中国女医师协会基础医学科技奖等科研奖励20余项。
　　
　　雷健波，美国生物医学信息学博士。华西医科大学临床医学毕业，原北京协和医院临床医生，获美国哥伦比亚大学工程学院计算机硕士（M.S）和医学院生物医学信息学硕士（M.A.），美国德州大学医学部生物医学信息学博士（PhD），现任北京大学医学信息学中心副教授，硕士生导师。独特的国内外跨学科（临床，计算机，医学信息学）的学习、研究和工作背景，主持过国内新一代电子病历（EMR），医院信息系统（HIS），临床路径（CP）的开发，以及用于新药创制的国家级临床和标本资源库的建设等。2010年4月以人才引进到北京大学，创立北京大学医学信息学中心，任代主任，常务副主任，负责创建新学科“医学信息学”。主要的研究领域包括：电子病历系统和个人健康档案、临床决策支持、医学自然语言处理、移动医疗、健康信息搜索和消费者健康信息学、移动医疗、医疗卫生大数据、医疗信息系统易用性等。现任欧美同学会留美分会副会长，中国卫生信息学会卫生信息学教育专业委员会副主委，全国高等医药教材建设研究会“十二五”规划本科教材《卫生信息学概论》主编等。

绪论
第一节生物信息学的兴起
第二节生物信息学的内涵及其在生命科学中的应用
一、生物信息学的内涵
二、生物信息学在现代生物医学中的应用
第三节大数据时代的生物信息学与医学
一、人类基因组计划
二、组学与生物信息学
三、大数据时代的生物信息学与医学

第一篇生物信息学基础
第一章生物序列资源
第一节引言
第二节 NCBI数据库与数据资源
一、NCBI序列数据库概述
二、NCBI中的重要子库介绍
第三节 UCSC基因组浏览器与数据资源
一、UCSC概述
二、UCSC基因组浏览器
三、UCSC中的数据资源和常用工具
第四节 EMBL-EBI数据库与数据资源
一、EMBL-EBI数据库概况
二、EMBL基因组和核酸序列资源
三、UniProt蛋白质数据资源
四、Biomart数据检索平台
第五节重要的非编码基因数据库
一、ENCODE数据库与数据资源
二、microRNA数据资源miRBase
小结
第二章序列比对
第一节引言
一、同源、相似与距离
二、相似与距离的定量描述
三、算法实现的比对
四、序列比对的作用
第二节比对算法概要
一、替换计分矩阵
二、双序列全局比对
三、双序列局部比对
四、多序列全局比对
五、多序列局部比对
六、比对的统计显著性
第三节数据库搜索
一、经典BLAST
二、衍生BLAST
三、BLAT
四、RNA序列搜索
五、数据库搜索的统计显著性
第四节比对软件、参数与数据资源
一、参数选择的一般原则
二、主要比对软件
三、EBI中的序列比对工具
四、UCSC中的BLAT比对工具
第五节比对技术的发展
—、glocal比对
二、全基因组比对
小结
……
第三章序列特征分析
第四章分子进化分析
第五章基因表达数据分析

第二篇功能基因组信息学
第六章蛋白质组与蛋白质结构分析
第七章基因注释与功能分类
第八章转录调控的信息学分析
第九章生物分子网络与通路
第十章计算表观遗传学

第三篇生物信息学与人类复杂疾病
第十一章复杂疾病的分子特征与计算分析
第十二章非编码RNA与复杂疾病
第十三章新一代测序技术与复杂疾病
第十四章药物生物信息学
第十五章生物信息学相关学科进展
中英文名词对照索引
英中文名词对照索引
致谢