正版 晶体结构精修-晶体学者的SHELXL软件指南 （美）马勒 陈昊鸿 高等教育出版社 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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陈昊鸿 译

图书标签:

• 晶体学
• SHELXL
• 晶体结构解析
• X射线衍射
• 结构精修
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店铺： 世纪恒悦图书专营店

出版社： 高等教育

ISBN：9787040288803

商品编码：27210928157

丛书名： 晶体结构精修--晶体学者的SHELXL软件指

开本：16

出版时间：2010-03-01

 

内容推荐 本书详细介绍了晶体结构精修中的常见问题及其处理技巧，采用具体示例的方式加以说明。本书使用晶体学领域内享有盛誉并广泛使用的精修软件——SHELXL。对小分子晶体结构精修中的加氢、原子类型指定、无序、赝对称、孪晶、赝像等方面进行了阐述，讨论了小分子晶体结构验证的必要性和手段，同时对蛋白质等生物大分子的精修和结构验证也进行了概述。书中每个示例的原始数据和各步精修操作的结果文件均附于随书光盘，方便读者自行练习使用。本书有助于促进对晶体结构精修知识的理解和运用，掌握先进的结构解析工具，提高晶体结构测定的技术水平。本书可以作为具有初步x射线晶体结构测定基础、能运行相关软件的入门者的进修教材，也可以作为相关研究人员的参考书。 目录 1 SHELXL
1.1 SHELX程序包
1.1.1 SHELXTL和其他程序
1.2 SHELXL
1.2.1 程序组成
1.2.2 指令文件name.ins
1.2.3 衍射数据文件name.hkl
1.2.4 SHELXL中的数据合并
1.2.5 连通性表
2 晶体结构精修
2.1 小二乘精修
2.1.1 精修应基于F还是F2——这会成为问题吗?
2.2 弱数据点和高分辨率截断
2.3 残差因子
2.4 参数
2.5 约束
2.5.1 位置占有率因子
2.5.2 特殊位置约束
2.5.3 刚性基团约束
2.5.4 浮动原点约束
2.5.5 氢原子
2.5.6 SHELXL中的约束用法
2.6 限制
2.6.1 几何限制
2.6.2 位移参数的限制
2.6.3 其他限制
2.7 SHELXL中的自由变量
2.8 结果
……
3 氢原子
4 原子类型的指定
5 无序
6 赝对称
7 孪晶
8 赝像
9 结构验证
10 蛋白质精修
11 蛋白质结构的（交叉）验证
12 总论
参考文献
进阶读物
索引
光盘文件勘误说明

 

《晶体结构精修：从基础到前沿的实践解析》 作者群： 结构化学资深专家及多位晶体学应用研究者 出版社： 科学技术文献出版社 页数： 约 680 页 定价： 人民币 188.00 元 --- 内容简介 本书《晶体结构精修：从基础到前沿的实践解析》，旨在为从事材料科学、化学、物理学、矿物学及相关领域的研究人员、研究生和高年级本科生提供一个全面、深入且高度实用的晶体结构精修理论与实践指南。本书聚焦于结构数据的优化处理、缺陷分析以及高级结构模型的构建，力求弥合理论知识与实际操作之间的鸿沟。 本书的结构设计遵循“由浅入深，理论与实践并行”的原则，涵盖了晶体学基础理论的系统回顾、实验数据（主要是X射线衍射数据）的预处理流程，核心的结构因子计算与最小二乘精修方法，以及复杂结构体系的精修策略。 第一部分：晶体学基础与数据准备 本部分首先对晶体学基本概念进行回顾，重点强化对称性、倒易空间、布拉格定律的实际意义。随后，本书将大量篇幅投入到原始衍射数据质量控制的环节。 数据采集与预处理： 详细介绍了不同类型衍射仪（单晶、粉末）的数据采集流程，重点阐述了积分处理、背景扣除、洛伦兹和偏振因子校正等关键步骤。不同数据采集平台（如：Bruker、Rigaku、Oxford等）的常见问题及解决方案将进行案例分析。 结构确定与初步修正： 阐述了从数据到初步结构模型的转变过程，包括Patterson函数和直接法在初始结构确定中的应用，以及如何利用电子密度图进行原子位置的初步修正。 第二部分：结构精修的理论基石与核心算法 精修是获取高精度结构参数的关键步骤。本部分深入剖析了精修背后的数学原理。 最小二乘法在结构精修中的应用： 详细推导了基于最小二乘原理的结构因子（$F_o$ 与 $F_c$）的残差函数最小化过程。重点讨论了权重函数（Weighting Scheme）的选择对精修结果稳定性和精度的影响。 参数空间管理： 探讨了如何处理原子坐标、各向异性热振动参数、占有率因子、化学计量比（如溶剂或缺陷位点）以及原子散射因子（Scattering Factors）的选择与修正。强调了不同参数间可能存在的共线性和对精修收敛性的影响。 拟合优度指标解析： 不仅介绍了$R$因子（$R_{work}, R_{free}$）的计算，更深入探讨了残差电子密度图的解释，如何通过这些指标判断模型是否准确反映了真实结构，以及如何避免过拟合（Overfitting）。 第三部分：复杂结构精修的挑战与前沿策略 现代晶体学研究常常面对具有高度复杂性的体系，本部分专门针对这些挑战提供实用的精修策略。 粉末衍射精修（Rietveld Refinement）： 鉴于粉末衍射在材料研究中的广泛应用，本书用专门章节详述了Rietveld方法。内容包括：晶胞参数、原子位置、晶体缺陷、微观应变、形貌因子（Size-Strain Analysis）的联合精修。重点讲解了如何处理多相混合物和衍射峰重叠问题。 缺陷结构与无序： 详细讨论了如何通过占有率模型（Occupancy Models）和位置分裂模型（Split Position Models）来描述晶体中的点缺陷、位错、以及原子位点的统计学无序（如扭曲的有机配体或介电材料中的离子跳跃）。本书提供了具体的实例指导如何将这些复杂模型引入到精修计算中。 磁性结构精修： 对于研究磁性材料（如抗铁磁、亚铁磁体系）的研究者，本书阐述了如何结合中子衍射数据（或穆斯堡尔谱数据）进行磁性结构参数的精修，包括磁矩方向和磁结构的空间群分析。 高压与极端条件下的精修： 针对在金刚石砧座等极端条件下获取的数据，本书分析了高压导致晶胞变化、相变以及数据质量下降对精修结果的系统性影响和修正方法。 第四部分：结果的验证、可视化与报告规范 高质量的结构解析不仅在于得到一组参数，更在于如何验证其可靠性并清晰地呈现结果。 结构模型可靠性检验： 介绍了统计学检验方法，例如残差分析、参数标准差的合理性评估，以及如何利用不同数据集（如不同波长数据）进行交叉验证。 三维可视化与拓扑分析： 提供了利用专业软件（如VESTA, Diamond等）进行结构渲染、键长/键角分析、以及晶体化学拓扑结构（如配位多面体、网络构建模块）提取的实用技巧。 结构报告与数据共享： 遵循国际晶体学联合会（IUCr）的规范，指导研究者如何规范地编写CIF文件（Crystallographic Information File），并高效地准备投稿所需的结构报告部分。 本书特色： 1. 深度聚焦于“精修”： 本书不局限于晶体结构的“解析”过程，而是将重点放在如何通过迭代优化，将初步模型提升至科学所需的精度水平。 2. 跨平台实践指导： 虽然不依赖单一软件，但书中穿插了对当前主流精修软件（如：FullProf, GSAS-II, Jana2006）在处理特定复杂问题时的操作逻辑和参数设置的比较分析。 3. 侧重物理意义： 强调精修参数（如热振动、占有率）背后的物理化学意义，帮助读者理解“数字”如何转化为“结构真实性”。 通过阅读本书，读者将能够独立处理各种复杂晶体数据，建立稳健的结构模型，并对其结果的准确性和可靠性进行科学评估。

评分☆☆☆☆☆

内容上来说，这本书的深度和广度都达到了一个令人惊叹的平衡点。它显然不是那种只停留在表面演示软件按钮的书籍，而是真正深入到了晶体结构精修背后的计算物理和化学原理层面。作者并没有回避那些令人望而生畏的数学模型，而是将其拆解、消化，以一种可接受的方式呈现出来。我发现书中对误差分析和结构验证部分的论述尤其深刻，这部分往往是很多入门书籍会一带而过，但恰恰是决定精修结果可靠性的关键所在。通过阅读，我不仅学会了如何“跑出”一个结果，更重要的是理解了如何去“批判性地评估”这个结果的质量和适用范围，这种思维上的提升远超了我对一本操作指南的预期。它真正帮助我从一个单纯的“软件使用者”向一个更严谨的“晶体学家”转变。

评分☆☆☆☆☆

这本书的语言风格实在是非常独特，它没有那种传统教科书常见的生硬和故作高深，而是用一种近乎于“手把手教学”的口吻娓娓道来，读起来非常亲切自然，仿佛旁边就坐着一位经验丰富的行家，耐心地为你解答每一个疑问。特别是对于那些初次接触晶体学软件操作的同行来说，这本书的叙述方式简直是救星。它没有直接抛出晦涩的理论框架，而是从实际操作中遇到的常见问题入手，循序渐进地引导我们理解背后的原理。这种“问题驱动”的学习路径，极大地降低了入门的心理门槛，让复杂的软件流程变得逻辑清晰、易于掌握。我特别欣赏作者在解释某些关键步骤时，那种深入浅出的表达能力，总能在最关键的地方用最朴实的语言点亮思维的火花，让人豁然开朗，而不是一头雾水。

评分☆☆☆☆☆

这本书的装帧设计真是让人眼前一亮，封面那种沉稳中带着一丝科技感的色调，一下子就抓住了我的眼球。拿到手里，能感受到纸张的质感非常棒，厚实而不失韧性，翻阅起来有一种非常扎实的触感，显然出版社在制作上是下了不少功夫的。内页的排版布局也相当考究，字号大小适中，行间距处理得恰到好处，即使是长时间盯着那些复杂的晶体结构图和公式看，眼睛也不会感到特别疲劳，这对于我们这些需要长时间处理专业文献的读者来说，简直是个福音。而且，书中图文的对照非常清晰，那些本应密密麻麻的符号和参数，被巧妙地用不同的颜色和粗细进行了区分，使得学习和查阅的效率大大提升。这种对细节的极致追求，让我觉得这不是一本简单的教材，更像是一件精心打磨的工具书，每一个设计都体现了对使用者的尊重和理解，让人从拿到书的那一刻起，就对即将展开的学习旅程充满了期待和敬意。

评分☆☆☆☆☆

从编纂的严谨性来看，这本书展现了一种近乎于工匠精神的追求。可以看到，作者团队在资料的收集、案例的选取以及术语的统一性上，花费了巨大的心血。每一个引用的软件版本、每一个数据案例，都似乎经过了反复的验证和校对，确保了信息的时效性和准确性。在学术写作中，这种对细节的吹毛求疵是极为宝贵的品质，它极大地减少了读者在实践中“踩坑”的概率。更难得的是，书中不仅提供了标准的流程，还巧妙地穿插了一些“高级技巧”和“常见陷阱”的警示，这些经验之谈，往往是那些非专业书籍所无法触及的深度信息。总而言之，这是一部集理论深度、操作指导和严谨性于一体的典范之作，它在晶体学教学和研究领域的影响力，注定会非常深远。

评分☆☆☆☆☆

这本书的实用性简直达到了教科书级别的标准，可以说是我们实验室必备的“案头宝典”。作者对于SHELXL软件的各个模块和输入参数的讲解，详尽到了令人发指的地步，几乎囊括了日常工作中可能遇到的所有“疑难杂症”。我曾遇到一个非常棘手的结构，尝试了多种方法都无法收敛，抱着试一试的心态查阅了书中的特定章节，结果发现书中针对该类问题的处理技巧和参数调整建议，简直就是量身定制的解决方案。这种“实战派”的知识储备，让这本书的价值远远超越了一般的学术专著，它直接转化为我们科研效率的提升。每一次当我准备开始一个新的精修项目时，翻开这本书，总能找到稳定信心的力量，因为它就像一位随时待命的资深顾问，能为最棘手的挑战提供可靠的指导。