内容简介
《精编蛋白质科学实验指南》内容全部取材于该书和每季度更新的服务手册,其详细提供了多种实验方案,并包含实验材料、步骤和每种技术的参考文献等信息,可使有经验的研究人员将其作为独立的实验室指南来使用。
由于蛋白质具有多样性,其分析也必须包括很广范的结构和理化方法,因此每个研究人员都必须尽可能多地掌握新方法和传统方法。本指南中既包括特定的详细方案,也包括使方法适应手头特定项目的策略,相信能够有助于读者进一步深入进行蛋白质科学和相关领域的研究。
内页插图
目录
译者的话
前言
参编者
推荐的背景读物
第1章 蛋白质纯化和定性的策略
1.1 单元 蛋白质纯化和定性概述
目标和研究对象
蛋白质纯化的原料
蛋白质的检测和分析
蛋白质分离和纯化方法
蛋白质产物的定性
蛋白质纯化实验室
1.2 单元 蛋白质纯化流程图
可溶性重组蛋白
不可溶性重组蛋白
可溶性非重组蛋白
膜相关的和不可溶性重组蛋白
第2章 计算分析
2.1 单元 用于蛋白质序列分析的疏水分布图
方法学
应用
结论
2.2 单元 蛋白质二级结构预测
二级结构预测的方法
二级结构预测方法的应用
2.3 单元 使用BLAST程序家族进行序列相似性搜索
进入BLAST程序和文档
BLAST介绍
BLAST程序
2.4 单元 因特网上的蛋白质数据库
蛋白质结构数据库
蛋白质家族数据库
2.5 单元 蛋白质三级结构预测
同源性建模
序列分布图法
线程法
从头结构预测
2.6 单元 蛋白质三级结构建模
词汇
进入SwissModel程序和文档
ExPDB数据库
创建首次法建模查询的格式
观看SwissModel结果
2.7 单元 比较蛋白质结构预测
比较建模的步骤
第3章 检测和分析方法
3.1 单元 分光光度法确定蛋白质浓度
基本方案1 计算一个蛋白质的摩尔吸收系数
基本方案2 折叠蛋白质摩尔吸收系数的测定
基本方案3 使用摩尔吸收系数通过吸收光谱测定蛋白质的浓度
基本方案4 通过205nm处的吸收光谱测定蛋白质的浓度
基本方案5 粗蛋白质提取液总蛋白质浓度的测定
3.2 单元 定量氨基酸分析
样品制备
平均组成的计算
3.3 单元 肽和蛋白质的体外放射标记
基本方案1 使用碘珠对酪氨酸或组氨酸残基进行碘化
备择方案1 用氯胺T或Iodogen在酪氨酸或组氨酸残基碘化
备择方案2 使用乳酸过氧化物酶在酪氨酸或组氨酸残基碘化
辅助方案1 等摩尔碘化以获得产物的高收率
辅助方案2 用HPLC从碘化产物中分离未标记的肽
基本方案2 用Bolton-Hunter试剂在赖氨酸残基或N端碘化
基本方案3 通过酸酐乙酰化在赖氨酸残基或N端进行14C或3H标记
备择方案3 通过还原性烷基化在赖氨酸残基或N端进行14C或3H标记
备择方案4 用碘乙酸或碘乙酰胺在赖氨酸残基进行14C或3H标记
基本方案4 在肽合成过程中引入标记的氨基酸残基
备择方案5 在肽合成过程中在N端进行选择性标记
3.4 单元 总蛋白质的分析
基本方案1 总蛋白质定量的双缩脲分析
基本方案2 总蛋白质定量的Hartree-Lowry分析
基本方案3 总蛋白质定量的二喹啉甲酸(BCA)分析
基本方案4 总蛋白质定量的酸消化——茚三酮法
辅助方案1 热封玻璃管
基本方案5 测量总蛋白质的考马斯染料结合分析(Bradford分析)
辅助方案2 蛋白质样品的凝胶透析
……
第4章 提取、稳定和浓缩
第5章 重组蛋白的生产
第6章 重组蛋白的纯化
第7章 重组蛋白的定性
第8章 常规层析分离
第9章 亲和层析
第10章 电泳
第11章 化学分析
第12章 翻译后修饰:糖基化
第13章 翻译后修饰:磷酸化和磷酸酶
第14章 翻译后修饰:特定的应用
第15章 蛋白质的化学修饰
第16章 质谱
第17章 肽的制备和处理
第18章 蛋白质互相作用的鉴定
第19章 蛋白质相互作用的定量
第20章 肽酶
第21章 基于凝胶的蛋白质组分析
附录1 试剂和溶液
附录2 常用的度量制和数据
附录3 常用技术
附录4 试剂和设备供货商
参考文献
索引
前言/序言
蛋白质像人一样,很有个性,但又有很多共同点。结构特点很相似的蛋白质,其物理特性会截然不同,这种异质性会给有志于研究蛋白质结构和功能的科学家提出很大挑战,因为我们不能够根据蛋白质的序列和结构来预测其生物学和物理功能,例如,已知一种蛋白质的三级结构,我们不能够准确地预测如何对其进行结晶和纯化。因此,尽管随着生物信息学能力的日益增强,我们能够使这一过程更加合理,但蛋白质化学的许多方面还要靠经验的方法。随着分子生物学、遗传学、结构生物学和相关学科的发展,蛋白质科学也正在不断地复兴,对有关蛋白质方法的参考资料的需求也不断增长。使用重组的方法,现在能够过量表达正常形式和重新设计形式的蛋白质,并能够创造具有独特新特性的嵌合蛋白质。表达有亲和标签的蛋白质特别有助于蛋白质的纯化。高水平地表达那些在通常情况下低丰度的蛋白质以及对其氨基酸序列进行操作,这种能力为研究蛋白质的排列和其相关的生物学过程(体外和体内两种情况下)提供了空前的机会。蛋白质的生物化学、生物物理和高分辨率结构分析与相关基因的操作(在培养的细胞或整个哺乳动物中)组合在一起已在生物技术和分子医学的许多领域取得了惊人的进展。
由于蛋白质具有这样的多样性,其分析也必须包括很广范的结构和理化方法,每个研究人员的方法库中必须都包括新方法和老方法(传统方法),而且,适合于纯化和初步定性与目的生物学活性有关的蛋白质的方法,通常并不适合于分析相应的过量表达的重组蛋白。本指南中既包括特定的详细方案,也包括使方法适应手头特定项目的策略,是为那些几乎没有蛋白质分离和定性经验的科学工作者而设计的,可能是研究生和在其他生物学科受过训练的科学工作者。同时,本书中介绍的大量技术可以保证即使是经验丰富的专家也会找到新的有用的方法,而且会受益于本书中便捷的标准信息和方法的编排方式,通常情况下,这些标准信息和方法必须要从许多资料中精选。
尽管掌握了本书介绍的技术能够使读者进行蛋白质科学和相关领域的研究,但是,无论是本书还是CPPS都不适于替代研究生的蛋白质科学课程,也不适于作为本领域的综合教材。此外,我们强烈建议读者与更有经验的研究人员一起在实验室中得到第一手的经验。
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